学校所拥有着的秘密、在黄昏时刻交替的两个世界。 ……你们并不会对此产生好奇的吗？他们究竟是从何而来，究竟会向何而去？ 夜与昼的境界线究竟会在什么时候——开始交替？ 位于在深山的全寄宿制学校『天秤瑠璃学园』。 这个耸立着巨大钟塔的地方，可不仅仅是一间普通的学校—— 主人公满琉作为转校生来到这个学校以后，就背负起"特殊事件调查分室"，俗称“特查”的任务。 他与特查的同伴忧绪等人一起，每天都在解决在这间不可思议的学校里所发生的各种麻烦事。 突然有一天，学校里出现了料想之外的来访者。 为了探寻祖母的纪念品，从遥远的他国来访的少女、爱蒂尔海特。 这位看来并非好应付的客人，被推给了身为特查的众人。 「好啊。就让我来看看诸位的能力吧」 在爱蒂尔海特寻物的时光中，至今为止理所当然地流逝的所有时间全都开始流动了。 这就是——学校所抱着的秘密、在黄昏时刻交替的两个世界。 他们究竟是从何而来，究竟会向何而去？ 而夜与昼的境界线究竟会在什么时候——开始交替？ 为了新的谜题与秘密，主人公一行再次开始四处奔波！