以一所神秘的学校为背景，昼夜区分两个世界，讲述了三个对比鲜明的角色面临魔法难题的故事。 主人公以新生的身份来到了深山中一所耸立着巨大钟塔楼的全寄宿制学院。 但是在他第一次上学的那天就因为破坏了学院入口处看起来很贵的雕像而被卷入到麻烦中。 在被学园长所下达的，以劳动代替赔偿的指示下，主人公与造成麻烦的另一个男生一起被分配到了“特殊事件调查分室”。 等到他们来到这座巨大的图书馆内部的分室部门时，却发现那里有一个神情冷漠的少女在等待他们 在不知所以的情况下，两人被告少女告知： 在这个学院里，真的存在魔术—— 伴随着钟塔的钟声响起，学院里就会出现“夜的世界”，与校舍融为一体。 而分室的工作，就是去解决在学校里发生的所有魔术性的问题。 就这样，主人公等人在被各种各样的“遗品”的捉弄下在校园奔波。