主角中井久夫原本是一个有着正常生活的普通男孩，但一次先天性心肌缺损引发的意外迫使他长期住院，之后不得不转到一个“有健全医疗与看护设施”的特殊残疾人学校。尽管困难重重，他还是交上了新的朋友，并逐渐适应了这里的生活。片轮少女中共有5条主线，分别为茨崎笑美线、池泽华子线、砂藤莉莉线、手冢琳线和羽加道静音线。