舞台，是被山与海所包围的都市·冬木市，在那里，进行着一个仪式。 圣杯，是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。 被圣杯选中参加仪式的7位魔术师，由圣杯赐予从者，并与之订立契约。 7组主从为了成为最后活下来的一组，为了得到圣杯而展开厮杀。 这场为召唤圣杯而互相厮杀的仪式，其名，为圣杯战争。 已故魔术师卫宫切嗣的养子，卫宫士郎，本来只是一名极为普通的高中生，却偶然地与从者中的剑士订定契约，被卷入到了这场魔术仪式当中。 这个7人中最弱的魔术师，为了贯彻父亲与自己的正义，在这命运停驻的十几个夜晚，开始了自己的求索。